Archeologi che eseguono lavori sul campo vicino a Deming, New Mexico.

Gli archeologi sono simili agli investigatori privati. Si basano sugli artefatti e sui siti da cui provengono per mettere insieme il passato. Per definizione, un artefatto è qualcosa fabbricato o usato dall'uomo, e gli archeologi utilizzano una serie di tecniche per accertare il suo uso o scopo. Per esempio, la forma di un vaso di ceramica può trasmettere informazioni sul suo scopo. Una giara potrebbe essere stata usata come contenitore per la conservazione o come recipiente per cucinare; anche la posizione della giara - vicino a un focolare - può indicare un uso culinario. Alcuni artefatti, come le punte di proiettile, i coltelli di pietra o le lame d'ascia, illustrano il loro uso più chiaramente di altri, almeno agli occhi moderni.

“Venere”

Le famose statuette di "Venere" create dai primi popoli avanzati in Europa tra 20.000 e 30.000 anni fa sono esempi di tali artefatti. Le effigi di animali costruite in pietra, osso o ceramica sono altri esempi di oggetti non identificati. In mancanza di un termine migliore, gli archeologi si riferiscono spesso a questi oggetti come rituali, cerimoniali, simbolici o estetici. Mentre l'archeologia non sarà mai in grado di spiegare completamente tali manufatti, ci sono momenti in cui nuove prove fanno luce su di essi, trasformando uno strano blocco di roccia scolpita in una Stele di Rosetta.

Set di dati bioinformatici ed elaborazione

Abbiamo scelto dati con un grado medio-alto di copertura da 22 persone diverse per riflettere i dati raccolti da varie organizzazioni di ricerca utilizzando una varietà di diverse metodologie di laboratorio e abbracciando una varietà di regioni geografiche e periodi di tempo. Abbiamo cercato di utilizzare quanti più dati grezzi possibile per i campioni umani anatomicamente moderni, ma diverse pubblicazioni hanno fornito i dati solo dopo la mappatura e il filtraggio. La pipeline utilizzata per raccogliere questi campioni era identica a quella utilizzata in ricerche precedenti . Utilizzando le opzioni non predefinite -l 16500 -n 0. 01 -o 2, le letture sono state mappate alla versione 1000 genomi del genoma umano di riferimento hg19 utilizzando bwa.

Prodotti e frammenti di PCR duplicati

In seguito, i prodotti duplicati della PCR e i frammenti inferiori a 35 bp sono stati filtrati [ Per evitare l'effetto del danno post-mortem, abbiamo limitato il nostro studio a un insieme di variazioni bialleliche di trasversione note. Abbiamo scelto 107.404 trasversioni dall'array di genotipizzazione Human Origins e 1.022.984 trasversioni con una frequenza allelica minima del 5% nei dati pubblici del Simons Genome Diversity Project (SGDP) che si trovavano in regioni del genoma che sono univocamente mappabili utilizzando letture da 35 bp .

Per rilevare i bias di riferimento

Per rilevare i bias di riferimento, esaminiamo i loci presumibilmente eterozigoti dove le letture dovrebbero mappare in un rapporto 50/50 in media se non ci sono bias. Un sito eterozigote è quello per il quale si osservano almeno dieci letture, con tra il 25% e il 75% di quelle che rappresentano l'allele alternativo. Queste letture sono analizzate utilizzando samtools mpileup versione 1. 5, con l'opzione -B disabilitata per evitare di ridimensionare la qualità delle basi.